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所蔵館	所蔵場所	請求記号	資料番号	資料区分	帯出区分	状態
一般	一般資料室	463.7/2008/	00012181434	和書	帯出可	在庫

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資料詳細

タイトル	システム生物学入門 ,
書名ヨミ	システム　セイブツガク　ニュウモン
副書名	生物回路の設計原理
著者	Uri Alon ／著, 倉田 博之 ／訳, 宮野 悟 ／訳
著者名ヨミ	アロン,U. , クラタ,ヒロユキ , ミヤノ,サトル
出版者	共立出版
出版年	2008.10
ページ数, 大きさ	10,291p, 26cm
NDC１０版	463.7
NDC８版	463.7
一般件名	形態形成 , 生物数学
ISBN	978-4-320-05673-2
注記	原タイトル:An introduction to systems biology
内容紹介	生物学のパラダイム変換を推し進めていけば、生物の中にも基本的原理や法則があることを想定できる。生物システムの設計原理のいくつかにスポットを当て、生物ネットワークを理解できるような数学的枠組みを示す。
内容注記	文献：章末　ｐ２６３〜２８６

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目次

第1章 序

  参考文献

第2章 転写ネットワーク:基本概念

  2.1 はじめに

  2.2 細胞の内外環境の認知問題

  2.3 転写ネットワークを構成している要素

  2.4 単純な遺伝子制御のダイナミクスと応答時間

  参考文献

  演習問題

第3章 自己制御:ネットワークモチーフ

  3.1 はじめに

  3.2 パターン,ランダムネットワーク,ネットワークモチーフ

  3.3 自己制御:ネットワークモチーフ

  3.4 負の自己制御による遺伝子回路の応答時間の加速

  3.5 負の自己制御による産生揺らぎに対するロバストネスの促進

  3.6 まとめ

  参考文献

  演習問題

第4章 フィードフォワードループネットワークモチーフ

  4.1 はじめに

  4.2 ランダムネットワークにおける部分グラフの出現回数

  4.3 フィードフォワードループはネットワークモチーフ

  4.4 フィードフォワードループ遺伝子回路の構造

  4.5 AND論理下でのタイプ1コヒーレントFFLの動的挙動

  4.6 タイプ1コヒーレントFFLはオン・オフ感知性の遅延要素

  4.7 タイプ1インコヒーレントFFL

  4.8 なぜある種のFFLはまれにしか現れないのか

  4.9 FFLの収束進化

第5章 転写ネットワークの時間プログラムと全体構造

  5.1 はじめに

  5.2 単入力モジュール(SIM)ネットワークモチーフ

  5.3 SIMは時間発現プログラムを作り出す

  5.4 ネットワークモチーフの形状的一般化

  5.5 マルチ出力FFLによるFIFO時間順序の生成

  5.6 シグナルの統合化と組合せ制御:バイファンと密重複レギュロン

  5.7 センサー型転写ネットワークのネットワークモチーフと大域的構造

  参考文献

  演習問題

第6章 発生,シグナル伝達,神経ネットワークのネットワークモチーフ

  6.1 はじめに

  6.2 発生転写ネットワークのネットワークモチーフ

  6.3 シグナル伝達ネットワークのネットワークモチーフ

  6.4 多層パーセプトロンを使った情報処理

  6.5 合成ネットワークモチーフ:負のフィードバックと振動モチーフ

  6.6 線虫の神経ネットワークにおけるネットワークモチーフ

  6.7 まとめ

  参考文献

  演習問題

第7章 タンパク質回路のロバストネス:綱菌の走化性の例

  7.1 ロバストネスの原理

  7.2 細菌の走化性,細菌の思考方法

  7.3 大腸菌の走化性タンパク質回路

  7.4 正確な適応を説明する2つのモデル:ロバストとファイチューン

  7.5 細菌走化性の個性とロバストネス

  参考文献

  演習問題

第8章 発生のロバストなパターニング

  8.1 はじめに

  8.2 モルフォゲン指数分布はロバストではない

  8.3 自己強化モルフォゲン分解によるロバストネスの増大

  8.4 ロバストなパターニングのために分解フィードバックを用いるネットワークモチーフ

  8.5 ロバストネス原理を用いてショウジョウバエのパターニングのメカニズムを解明する

  参考文献

  演習問題

第9章 動力学的校正

  9.1 はじめに

  9.2 遺伝暗号の動力学的校正は分子認識の誤り率を低下させる

  9.3 免疫系は自己と非自己を識別する

  9.4 動力学的校正は細胞内の多様な認識プロセスで行われる

  参考文献

  演習問題

第10章 最適遺伝子回路設計

  10.1 はじめに

  10.2 一定条件下のタンパク質の最適発現レベル

  10.3 制御することしないこと:可変的環境の最適制御

  10.4 フィードフォワードループネットワークモチーフの環境選択

  10.5 まとめ

  参考文献

  演習問題

第11章 遺伝子制御の需要法則

  11.1 はじめに

  11.2 Savageauの需要法則

  11.3 最小エラー負荷に基づく遺伝子制御の法則

  11.4 最適制御に対する選択圧

  11.5 マルチレギュレーターシステムに対する需要法則

  11.6 まとめ

  参考文献

  演習問題

第12章 エピローグ:生物学の単純性

付録1 遺伝子の入力関数:ミカエリス-メンテン式とヒル式

  A1.1 リプレッサーとプロモーターの結合

  A1.2 インデューサーとリプレッサータンパク質の結合:ミカエリス-メンテン式

  A1.3 インデューサー結合とヒル方程式の協同作用

  A1.4 Monod,Changeux,Wymannのモデル

  A1.5 リプレッサーが制御する遺伝子の入力関数

  A1.6 アクチベーターとDNA部位の結合

  A1.7 ミカエリス-メンテン酵素反応式

  参考文献

  演習問題

付録2 多次元入力関数

  アクチベーターとリプレッサーを統合する入力関数

  演習問題

付録3 転写ネットワークのグラフ性質

  A3.1 転写ネットワークは疎である

  A3.2 転写ネットワークは裾の長い出力次数列とコンパクトな入力次数列をもつ

  A3.3 転写ネットワークのクラスタリング係数

  A3.4 ネットワークモジュールの定量的尺度

付録4 遺伝子発現の細胞間変動

  参考文献

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